Името на града е звучало различно на езиците на неговото население. Траки и гърци са го произнасяли Месамбрия. Гръцкият географ Страбон пише: "Следва Месамбрия, колония на мегарците, по рано наричана Мелсамбрия, т.е. "град на Мелсас", понеже основателят й се нарича Мелсас, а пък на тракийски "брия" означава град”. Римляните и византийците наричат града Месемврия, но помнят нейния основател. Върху надгробната плоча на римлянката Юлия четем: „Месамбрия е моята родина - от "Мелса" и "брия". Българските му обитатели през средновековието оставят името Несебър.

В акваторията на двете градски пристанища са открити голям брой каменни котви от XII - IX в.пр.Хр., доказващи активно мореплаване на местните жители през тази ранна епоха. Най-многобройните останки от бита на древните траки са сивочерните керамични съдове с врязани и релефни орнаменти от IX - VI век пр.Хр.

В Месамбрия е открит един изключително важен надпис - декрет в чест на тракийския династ Садала, който е от III век пр.Хр. Този паметник дава богата информация за взаимоотношенията на гръцкия полис със съседните траки. Експонираното сребърно съкровище от монети - тетрадрахми, в които преобладават тракийските имитации, допълва сведенията за ролята на местното тракийско население в политическия и икономически живот на града през ХI -I век пр. Хр.